Karl Isakson (født 16. januar 1878 i Stockholm, død 29. februar 1922 i København) var en svensk-dansk maler.
Isakson utdannet seg til håndverksmaler, og fra 1891 fulgte han kurs i tegning på Tekniske skolans kveldskurs. Han var i 1895 assistent for Carl Larsson, som da utførte veggmaleriene i Nationalmuseums trappehall.
I 1897–1901 studerte Isakson på Kunstakademiet i Stockholm og i 1902 bega han seg på en utenlandsreise hvor han møtte den danske maleren Kristian Zahrtmann. Han sluttet seg da til kretsen av kunstnere i Civita d'Antino i Italia, hvor Zahrtmann og andre malere oppholdt seg i perioder. I København var han i et par år elev på Zahrtmanns malerskole og i 1903 fikk han sitt eget atelier.
Isakson oppholdt seg også på Bornholm og kom i 1911 til Christiansø hvor han malte motiver i tiden frem til første verdenskrig, da øya ble stengt for utlendinger. Han regnes med disse maleriene blant modernismens fedre i Danmark.
Isakson døde 44 år gammel av lungebetennelse, og etter hans død fant man en rekke bilder med religiøse motiver.