Haakon Nyhuus (født 28. november 1866 i Trysil, død 25. desember 1913 i Kristiania) var sjefsbibliotekar ved det Deichmanske bibliotek fra 1898, redaktør for Illustreret norsk konversationsleksikon 1907-1913 og den første leder av Kirkedepartementets bibliotekskontor.
Nyhuus tilhørte den første bølgen av norske bibliotekarer som fikk sin utdanning i USA. Ideene som han brakte med seg hjem regnes som et avgjørende bidrag til den store reformen av det norske bibliotekssystemet rundt århundreskiftet.
Nyhuus var opptatt av at bøker skulle være tilgjengelig for alle. Han innførte åpne bokhyller, slik at lånerne kunne gå og bla i dem selv, uten å måtte vite hvilke bøker de ønsket å bestille opp fra magasinene. Han innførte også Deweys desimalklassifikasjon ved bibliotekene i Norge. Som leder på Deichmann eksperimenterte han bl. a. med bokkasser på trikken i Kristiania.
Nyhuus var en del av miljøet i 1880-tallets Kristiania som i ettertid er kjent som Kristiania-bohemen. Han omtales med pseudonymet «(lille, tykke) Gaarder» i Hans Jægers roman Fra Kristiania-bohemen (1885). Han utga sammen med Jæger Kristiania-Billeder i 1888.
Han var sønn av ordfører, stortingsmann og skogbestyrer Ola Nyhuus d.y., sønnesønn av ordfører og skogbestyrer Ole Nyhuus d.e. og nevø av botanikeren Olinus Nyhuus.