John E. Nielsen (født 8. september 1857 i Kragerø, død 1916) var fotograf.
Fotografforretningen til John E. Nielsen i Storgata 147 i Porsgrunn. Foto: Sætherskar, Johs. (red.), Det Norske Næringsliv 4, Telemark Fylkesleksikon, Bergen, 1949.Han var bror av fotograf Thea Nielsen, og gikk i lære hos søsteren. Tok svennebrev, styrmannseksamen og handverkerbrev. Startet forretning på Rådhusplassen i Porsgrunn 13. februar 1890.
Han var gift med Christiane Johansen. Ved hans død overtok hun forretningen og fortsatte den. I 1949 ble den overtatt av datteren Sofie Nielsen som drev den til sin død i 1972, hvoretter den opphørte. Hans bilder finnes hos Porsgrunn historielag og i Porsgrunn Bymuseum.