Edøy var fra gammelt av et senter i det gamle Nordmørafylke. Fylket kan ha vært delt i to sysler; I nord Fosen som senere ble Fosen len, og i sør Edøy, som senere fikk navnet Nordmøre og danner opphavet til det senere Nordmøre len og Nordmøre fogderi. Edøy syssel og Edøy Hovedgård var i så fall hovedsetet for kongens sysselmann.

Edøy er et av de historiske sentrene i Midt-Norge med bla. Edøy gamle kirke, Edøystjerna Edøy Hovedgård, Edøyskipet og Norges dåpsattest Kulisteinen på naboøya Kuli. Det er gjort en rekke arkeologiske funn på Edøy, det tidligste datert til 2700 år f.kr. Sannsynligvis var Edøy kongssetet til Nordmørskongen Hundtjov som er omtalt i Snorres Kongesaga i forbindelse med slagene på Solskjel ved Harald Hårfagres samling av Norge til ett rike i ca. 863.

Edøy var tidligere en kommune i Møre og Romsdal fylke opprettet som Edøy formannskapsdistrikt i 1837.

Kommunen ble første gang delt 1. januar 1874 da Tustern (Tustna) ble skilt ut som egen kommune. Edøy hadde på dette tidspunktet 2 166 innbyggere.

1. januar 1915 ble kommunen igjen delt da Brattvær og Hopen ble skilt ut som egne kommuner. Edøy hadde da 973 innbyggere.

1. januar 1960 ble delingen gjennomført i 1915 reversert, og de tre kommunene ble igjen én samlet enhet – denne gang med navnet Smøla kommune. Edøy hadde ved sammenslåingen 1 135 innbyggere.

På Edøy settes det opp hvert år et historisk spel, Fru Guri av Edøy, som beskriver kristningen og samlingen av Norge.