Limnologi (fra gresk λίμνη, limne, «innsjø» and λόγος, logos, «kunnskap») er vitenskapen om kontinentale vannsystemer, og omfavner både stillestående (lentiske) vann (f. eks. innsjøer og våtmarker) og rennende (lotiske) vann. Faget omfatter ikke kun ferskvann, men også saltsjøer som er vanligere på andre breddegrader, og innelukkede bassenger med sjøvann i bunnen nylig avsnørt fra sjøen. Vannsystemet kan både være naturlig eller menneskeskapt. Eksempler innebærer oppdemte dammer, tjern, elver, bekker, myrer og vannreservoarer. Faget er høyst tverrfaglig og vanlige fagfelt som behandler limnologiske spørsmål er biologi, kjemi, fysikk, geologi, matematikk og samfunnsfag.
Globalt utgjør ferskvann kun 2.5 % av verdens vannforekomster, og kun 0.3 % av dette utgjøres av innsjøer og elver. 68.9 % av ferskvannet er bundet opp i isbreer og permanent snølag