Johann Christoph Bayer (født 7. november 1738, død 20. desember 1812) var en tysk-dansk porselensmaler. Han var født i Nürnberg, men flyttet til Danmark i 1768.
Bayer var ansatt ved Den Kongelige Porcelænsfabrik i perioden 1776–1802. Hans hovedverk er de opprinnelige dekorasjonene av det 1 802-deler store serviset «Flora Danica», som ble tatt opp i den danske Kulturkanonen i 2006. Serviset var opprinnelig tenkt som gave til tsarina Katarina II av Russland, men hun døde før det var ferdig. Serviset ble derfor værende i Danmark, der det nå befinner seg stort sett intakt på Rosenborg slott i København.