Ernst Emil Aubert (født 1834 i Tyskland, død 1913) var fotograf.
Han var sønn av kammerråd, postforvalter Ernst Emil Aubert (1799-1863) og Anna Catharina Theilmann (1802-1870). Gift med Anna Olsen (1843-1877), en sønn og to døtre.
I 1875 og 1876 averterer han i Ny Ill. Tidende at han «anbefaler sit fotografisk, artistiske Atelier. Fotografierne skaffes gode også ved overskyet Veirligt». Premie Verdensutstillingen i Filadelfia 1876.
Kjente virkesteder i Kristiania er Kongens gate 13 (1876–?) og Hotel Royal på Jernbanetorget.